El coronavirus ingresó al norte de California numerosas veces, desde muchos lugares

El nuevo coronavirus se instaló en el norte de California de la misma manera que en el resto del mundo: llegó de lugares cercanos y lejanos, floreció en fértiles maletas y se incubó hasta que se extinguió o se trasladó a otros sitios.

Un equipo internacional de científicos combinó la epidemiología pasada de moda con una nueva investigación genética para determinar que el brote del Área de la Bahía fue generado por una mezcla de llegadas extranjeras y nacionales. Los hallazgos fueron publicados el lunes en la revista Science.

En nueve condados del Área de la Bahía donde el coronavirus echó raíces temprano, los visitantes que llegaron directamente de China fueron sólo una de varias fuentes de propagación dentro de la comunidad. Las cepas del virus que llegaron a través de Europa también fueron ampliamente evidentes. Y un grupo de casos que echaron raíces en el condado de Santa Clara se trasladó al vecino condado de San Mateo y al condado más distante de Solano.

Pero ninguna fuente de infección parece haber jugado un papel más importante en la propagación del brote de coronavirus de la región que el crucero Grand Princess, que navegó desde San Francisco a México y Hawái dos veces en febrero y marzo.

El nuevo estudio sugiere que al menos un pasajero en el primero de esos dos viajes, un individuo cuyo contagio se originó en el estado de Washington, dejó suficiente virus para sembrar las infecciones de la mayoría de las docenas de personas que se enfermaron durante el segundo viaje. Esos pasajeros, a su vez, llevaron el virus a los condados de San Francisco, Marín, Sonoma, Solano y San Joaquín, entre otros lugares del estado y el país, incluido Minnesota.

El análisis combina la secuenciación genética de muestras virales de 36 pacientes infectados de todo el norte de California con datos recopilados por funcionarios de salud pública sobre cómo, cuándo, dónde y por quién cada persona puede haber sido infectada y / o infectado a otros. Esta técnica, conocida como análisis filodinámico, se puede utilizar para explorar cómo un virus se establece en un nuevo lugar y qué tan extensa y rápidamente se propaga desde allí.

El coronavirus, conocido como SARS-CoV-2, muta de maneras apenas perceptibles a medida que expande su rango. En promedio, gana alrededor de dos mutaciones al mes.

Gracias a la tecnología de secuenciación genética rápida y económica, los científicos pueden sellar una variedad aparentemente aleatoria de muestras virales y colocarlas en árboles genealógicos para mapear sus movimientos.

Cuando los patrones de viaje recogidos por ese proceso se comparan con los historiales de exposición recopilados por los investigadores de salud pública, el resultado es una nueva forma de recrear la propagación del brote.

En este caso, los investigadores optaron por concentrarse en nueve condados que rodean a San Francisco, que es a la vez un imán para los viajeros nacionales y una importante puerta de entrada desde el extranjero. Se centraron en muestras virales recolectadas durante un breve período de tiempo cerca del inicio de la propagación sostenida del virus dentro de Estados Unidos.

Los resultados ofrecen algunas ideas sobre la rapidez con que el virus se había propagado en el Área de la Bahía antes de penetrar tierra adentro y moverse por todo el estado.

La respuesta, según los investigadores: muy rápidamente.

A mediados de marzo, a medida que las pruebas se generalizaron, tanto los casos como las muertes en todo el estado comenzaron a aumentar bruscamente. En el condado de San Mateo, por ejemplo, los nuevos casos se incrementaron a principios de abril.

Además, en febrero y principios de marzo, el virus ya se había propagado lo suficiente de persona a persona en el norte de California como para haber adquirido el sello de tiempo genético de un producto doméstico.

Incluso cuando el virus se propagó, algunas variantes locales se marchitaron y murieron sin infectar a más.

En los condados de San Benito y Solano, las intervenciones de salud pública como el rastreo de contactos, posiblemente ayudado por menores densidades de población, erradicaron los brotes locales antes de que pudieran trasladarse a los condados vecinos.

“El hecho es que se puede tratar el virus como si fuera un incendio forestal que generara chispas”, dijo el Dr. Charles Y. Chiu, especialista en enfermedades infecciosas en UC San Francisco y autor principal del artículo. “Si estás preparado para ellos, básicamente puedes apagar ese incendio”.

Todavía son útiles de ver, comentó Chiu. A un costo de $10 a $20 por muestra, la combinación del análisis genético y el trabajo de salud pública “nos ha dado datos procesables que podrían haber evitado que el virus se propague más allá de los límites de otros condados”, agregó.

El estudio se benefició de un gran esfuerzo internacional de muchos investigadores para decodificar, comparar y rastrear las secuencias genéticas de muestras virales tomadas de pacientes de todo el mundo. Para el 20 de marzo, ya habían reunido y organizado 753 de tales genomas en árboles genealógicos, lo que permitió a los genetistas y especialistas en salud pública ver cómo el brote de coronavirus se convirtió en la pandemia de COVID-19.

Entre las sorpresas que descubrieron estaba la fecha en que al menos un viajero de Nueva York se había infectado. El viajero se enfermó en San Francisco el 13 de marzo con una cepa de virus que claramente se había originado en Europa.

Ese momento sugiere que un coronavirus que pasó por Europa estaba bien establecido en Nueva York cuando se identificó el primer caso adquirido por la comunidad allí el 3 de marzo. Una hipótesis como esa no podría haberse revelado con las formas tradicionales de epidemiología.

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